Kendala lain yang dihadapi PPNS Migas, papar Suyartono, belum adanya organisasi dan tata kerja PPNS Migas yang melembaga dan jelas. Dalam hal ini, Peraturan Menteri ESDM No 0030 tahun 2005 tentang Organisasi dan Tata Kerja DESDM belum mengatur tugas pokok dan fungsi PPNS yang telah diamanatkan dalam UU No. 22 tahun 2001 tentang Migas.
Selain itu, kegiatan penyidikan atau penyidikan oleh PPNS masih bersifat temporer. Kegiatan penyidikan juga memerlukan waktu yang cukup lama sejak pengamatan sampai dengan masa sidang jika ditemukan adanya tindak pidana. Padahal, PPNS yang terikat tugas struktural sulit untuk meninggalkan pekerjaan rutin dalam waktu yang cukup lama.
Suyartono juga mengeluhkan tindak pidana dalam kegiatan migas khususnya penyalahgunaan BBM maupun elpiji bersubsidi dilakukan oleh kelompok secara terorganisir dengan baik dan jaringan yang luas. Ini tentu menyulitkan kerja PPNS, padahal kerja sama dengan polri belum dapat diwujudkan.
Untuk mengatasi kendala-kendala tersebut, diusulkan agar segera disusun organisasi, tata kerja, tugas pokok dan fungsi PPNS Migas.
Agar tugas PPNS Migas dapat dilaksanakan secara optimal dan terstruktur, apabila dimungkinkan PPNS merupakan unit organisasi struktural di lingkungan Departemen ESDM.
"Juga diperlukan dukungan dana, sarana prasarana yang memadai," tambah Suyartono.
Agar kerja sama dengan polri lebih intensif untuk operasi penyelidikan dan penyidikan di seluruh wilayah Indonesia, diusulkan dilakukan MoU antara Menteri ESDM dan Kapolri.
PPNS Migas berjumlah 71 orang, terdiri dari 43 orang berpendidikan pola 100 jam dan 28 orang pola 400 jam. Dari 71 PPNS Migas itu, 40 orang diantaranya berada di Ditjen Migas. Sedangkan sisanya tersebar pada beberapa unit kerja Departemen ESDM.
Wewenang PPNS Migas, antara lain melakukan pemeriksaan atas kebenaran laporan atau keterangan yang diterima berkenaan dengan tindak pidana dalam kegiatan usaha migas serta melakukan pemeriksaan terhadap orang atau badan yang diduga melakukan tindak pidana dalam kegiatan usaha migas.
Sejumlah kegiatan yang telah dilakukan PPNS Migas yaitu pengamatan indikasi tindak pidana kegiatan usaha migas khususnya BBM bersubsidi di wilayah DKI Jakarta, Jawa Barat dan Jawa Timur, mengidentifikasi titik-titik rawan penyimpangan distribusi BBM bersubsidi dari depot pengisian BBM (Plumpang) sampai dengan konsumen dan melakukan penggeledahan lokasi penimbunan dan pengoplosan BBM di wilayah Pluit.
PPNS Migas juga telah 8 kali memberikan keterangan ahli sesuai permintaan polri serta turut serta sebagai tenaga ahli dalam penyidikan kebakaran tangki No. 24 Depot Pertamina Plumpang yang terbakar Januari lalu.